Fix build and lint (#32180)

Botany Rework Part 1: Mutations (#31163)

Instead of each mutation being a flag that gets checked at some unique point in BotanySystem somewhere, they're now EntityEffects that get applied when the mutation occurs and when produce is harvested. One new list was added to SeedData so that multiple other fields could be removed.

All the non-stat-change mutations that have been rolled are added to the Mutations list, and get applied to the plant when the mutation occurs or when a seed with the mutation is planted. Produce get mutations applied at harvest if they apply to the produce, and carry all of the plant's mutations over as a seed. This gets rid of the one-off checks for things like Slippery, Bioluminescent, Sentient, etc.

The base odds of a mutation applying should be equal to the odds of the original mutation check. It pretended to have 1 bit flip (on averge) per mutation power, and odds of each mutation was the odds of one of its bit being flipped (1 /275 * bits). The 'thermometer code' applied for numbers will be replaced with simple random rolls, as both average out to the middle value. The new checks are much easier to understand and don't obfuscate the actual changes of something happening behind 3 layers of math. The biggest player-facing change is that Potency will be able to get over 65 significantly more often than it did in the previous system, but it will be just as common to get low values as high ones.

Mutation definitions have been moved to a .yml file. These include the odds per tick per mutagen strength of that mutation applying that tick, the effect applied, if it applies to the plant and/or its produce. This makes mutations simpler to add and edit.

This PR is limited specifically to the mutation logic. Improving other aspects of the system will be done in other PRs per the design document. Mutations was chosen first because its got the largest amount of one-off checks scattered all over that could be consolidated. Once this is merged, mutations could be contributed to the codebase with minimal extra work for later botany refactor PRs.

Update SharedBuckleSystem to use PopupClient (#31498)

Automatic changelog update

Make pressure and volume pumps require power (#28995)

Automatic changelog update

Automatic changelog update

Rename fix (#31654)

* Localize RenameCommand and delegate most of the process to MetaDataSystem.SetEntityName()

* Make renaming rely on the EntityRenamedEvent. Fix issue where renaming would keep old Examine text

Requires engine change

* Fix localisation strings

* Make PDA search be based on a renamed entity's Uid instead of its old name

To do this the pda component now has an PdaOwner field which gets
assigned when it is given as a loadout to a player

* Fix bad merge???

huh

* Use AllEntityQuery

fix infinite banana bug (#32167)

Fix animals sprites in critical state (#32175)

Initial commit

Update Credits (#32178)

Co-authored-by: PJBot <pieterjan.briers+bot@gmail.com>

Use Transform instead of TryComp<TransformComponent> (#32170)

Use Transform instead of TryComp

clean up clothing lathe recipes (#31520)

* clean up clothing lathe recipes

* add result

* :trollface:

---------

Co-authored-by: deltanedas <@deltanedas:kde.org>

Automatic changelog update

reinforce command intercom (#32169)

* secure command intercom

* Update intercom.yml

Moved hardcoded string "PEOPLE" to Loc.GetString() (#32164)

Automatic changelog update

Add snakes to vent spawn event (#32070)

Add snakes to vents

Automatic changelog update

Vox LoneOp loadout fix (#31641)

oh shit here we go again

Automatic changelog update

Fix some issues with pulling system (#32145)

Joints were created with pivots at object origin, causing unintuitive behaviour when an object was not centered on the origin. Now puts the pivots at the COM.
Joint limits were set based on fractions of the union of the AABB of objects, which did not make geometric sense. Now uses the pivot length with an additional [arbitrary] length.
Joints were created with a very low spring stiffness, which had a negligible effect most of the time but caused very unintuitive behaviour when the pulled object had a low mass (#28028) - disable the spring limit, and just use the hard min/max limits.

Co-authored-by: Eoin Mcloughlin <helloworld@eoinrul.es>

Allow ghosts to read books (#32151)

Co-authored-by: Eoin Mcloughlin <helloworld@eoinrul.es>

add test for lathe recipes having results (#32100)

* add test for lathe recipes having results

* id

---------

Co-authored-by: deltanedas <@deltanedas:kde.org>

Dev mouse acorgillation (#32040)

* Update dev_map.yml

* real mouse returned

Automatic changelog update

fix helmet parent (#32152)

Co-authored-by: deltanedas <@deltanedas:kde.org>

Automatic changelog update

New gauze customization (#30852)

* Sprite&Meta

* Marking_Prototype

* Locale

* Meta_copyright_change

* Sprite_Change

* New_Sprite

* And_another_new_sprite

* Change_Locale

Automatic changelog update

Add briefcase damage (#32063)

Initial commit

add gateway beacon for mapping (#32121)

Co-authored-by: deltanedas <@deltanedas:kde.org>

Fix that space (#32149)

Fixed the GODDAMN SPACE

Co-authored-by: Alpha-Two <alpha2.5232@gmail.com>

Automatic changelog update

fix aller at once desc (#32129)

fix rcd blacklist (#32102)

* fix rcd whitelist

* terminal under shutters too

network airlock AutoClose (#32124)

* network airlock AutoClose

* least stupid language

* great language

---------

Co-authored-by: deltanedas <@deltanedas:kde.org>

Automatic changelog update

Fix powered machines working unpowered if the panel is open. (#32135)

Automatic changelog update

Fix setmapatmos temperature argument

Co-authored-by: pa.pecherskij <pa.pecherskij@interfax.ru>

Automatic changelog update

Added void cloak hood (#31061)

* void hood

* reshade

* reshade x2

* Update hoods.yml

Automatic changelog update

Set default PDA uplink and music visibility to false (#28373)

* Set PDA uplink and music default visibility to false

#27376 seems to be the PDA receiving state before first PDA UI open

* Log error on PDA state received before first open

* Fix logging

* Fix error message

---------

Co-authored-by: metalgearsloth <comedian_vs_clown@hotmail.com>

Automatic changelog update

Add extradimensional orange, holymelon, meatwheat, worldpeas mutations (#27624)

* new mutations

* translation string fix

* add haloperidol to plant

* fix

* add FoodSequence

* food sequence fixes

Automatic changelog update

Eject mech pilot alert (#31649)

* Bruh

* well

* yes

Automatic changelog update

Fix medical PDA toggling light when scanning (#32091)

Fix replay load error screens (#32115)

If an error occurs while loading a replay, it's *supposed* to show a popup "hey do you wanna continue with error tolerance", and it does do this. But because of spaghetti in the replay state code, it also immediately tries to reload the replay without input, as a consequence of trying to reset to the game's default state.

Now the replay load system has a proper game state for "replay load failed", with nice presentation and explicit formatting and 10% less italian cuisine.

fix missing circuitboard recipes (#32092)

* fix missing circuitboard recipes

* and another one

movercontroller namespace (#31749)

Automatic changelog update

Gave AI a comms console (#31852)

* Updated sprites for AI HUD

* Epic test fail

* Merged AGhost actions and AI actions together again.

* Seperate comms and bugfix. Fixed broadcast.

* Stuffs

* Update station_ai.yml

* Update station_ai.yml

* :|

* Update silicon.yml

* oopsie daisy

* stuff

* further stuff

* oh my god

* Appeasing the gods

Automatic changelog update

Smart tomato pet (#31932)

* SmartTomato

* Fix

* RemovingExtraLines

* Update Resources/Locale/en-US/ghost/roles/ghost-role-component.ftl

Co-authored-by: slarticodefast <161409025+slarticodefast@users.noreply.github.com>
* Update Resources/Prototypes/Accents/full_replacements.yml

Co-authored-by: slarticodefast <161409025+slarticodefast@users.noreply.github.com>
* Update Resources/Prototypes/Entities/Mobs/NPCs/miscellaneous.yml

Co-authored-by: slarticodefast <161409025+slarticodefast@users.noreply.github.com>
* Update Resources/Prototypes/Entities/Mobs/NPCs/miscellaneous.yml

Co-authored-by: slarticodefast <161409025+slarticodefast@users.noreply.github.com>
* Update Resources/Prototypes/Entities/Mobs/NPCs/miscellaneous.yml

Co-authored-by: slarticodefast <161409025+slarticodefast@users.noreply.github.com>
---------

Co-authored-by: Ed <96445749+TheShuEd@users.noreply.github.com>
Co-authored-by: slarticodefast <161409025+slarticodefast@users.noreply.github.com>

Automatic changelog update

don't apply traits for borg and ai (#31990)

* doesn't apply traits for borg or ai

* add some comment and summaries

* weh

weh

* well ok

Co-authored-by: Ed <96445749+TheShuEd@users.noreply.github.com>
---------

Co-authored-by: Ed <96445749+TheShuEd@users.noreply.github.com>

Add guidebook protodata tag: embed prototype values in guidebook text (#27570)

* First clumsy implementation of guidebook protodata

* Support for Properties, format strings

* Better null

* Rename file

* Documentation and some cleanup

* Handle errors better

* Added note about client-side components

* A couple of examples

* DataFields

* Use attributes like a sane person

* Outdated doc

* string.Empty

* No IComponent?

* No casting

* Use EntityManager.ComponentFactory

* Use FrozenDictionary

* Cache tagged component fields

* Iterate components and check if they're tagged

Add ReagentWhitelist to Injector component and system (#28262)

* Add reagent whitelist to Injector component and system

* Apply suggested Changes

* Remove LINQ function for performance

* Update Content.Server/Chemistry/EntitySystems/InjectorSystem.cs

Co-authored-by: Ed <96445749+TheShuEd@users.noreply.github.com>
---------

Co-authored-by: Ed <96445749+TheShuEd@users.noreply.github.com>

Update submodule to 234.1.0 (#32098)

Reapply "FTL + AI fixes (#31952)" (#31968) (#32094)

* Reapply "FTL + AI fixes (#31952)" (#31968)

This reverts commit c46a4ab876ff0baa1e0636569751b120c27f710c.

* Update

Update submodule to 234.0.0 (#32095)

Fix latejoins (#32093)

For realsies :)

Make context menu uses spritetree (#31792)

Rather than doing goofy hacks we just use what sprites are near the mouse.

clean up security lathe recipes (#31523)

* clean up security lathe recipes

* add result

---------

Co-authored-by: deltanedas <@deltanedas:kde.org>

clean up robotics lathe recipes (#31522)

* clean up robotics lathe recipes

* add result

---------

Co-authored-by: deltanedas <@deltanedas:kde.org>

fixes a ton of contraband issues (#32078)

* fixes a ton of contraband issues

* pen

* give the armor suit storage

* pulse carbines go brrr

Automatic changelog update

Change forensic pad to use label isntead of name changing (#31842)

change name change to label

Make the pr link more visible in the changelog bot (#32047)

Automatic changelog update

add material composition to some salv treasure (#31970)

* add material composition to some salv treasure

* fake

---------

Co-authored-by: deltanedas <@deltanedas:kde.org>

Automatic changelog update

dont log missing ArtifactComponent for artifexium (#32073)

Co-authored-by: deltanedas <@deltanedas:kde.org>

Fix cauterization spam from space damage (#32080)

Automatic changelog update

Banners are no longer indestructible (#32077)

* Banners are no longer indestructible

* uninflate

Automatic changelog update

Reduce vertical margin on vending machine UI (#32074)

Smaller vending machine UI

Fixes swords not being able to be used to make bats (#32075)

Give BaseSword slicing quality

Automatic changelog update

Ore Processors can now produce Reinforced Glass (#32069)

fix reinforced glass in ore processors

TechAnomaly fixes (#32067)

Update TechAnomalySystem.cs

Automatic changelog update

Hivelord mob (#31322)

* Hivelord

* make it longah

Automatic changelog update

Reduced atmos canister sell price (#31965)

* reduce sell cost

* rounding buying prices

* Revert "rounding buying prices"

This reverts commit 68cf26e935f8d1387bb8d740802ac73998981637.

Automatic changelog update

Fix Station AI being affected by Bureaucratic Event (#32021)

* init commit

* I forgot components exist

* delta told me to make it a list

Add "X.A.N.A." as an AI name (#31976)

Add "X.A.N.A." as an AI

Anyways I don't think we're gonna get sued for trademark infringement of an old dead French TV show yeah?

Reapply "Fix spawnpref" (#32018) (#32058)

This reverts commit 119dd610fa30edd3927cd51acbc68601f7d0b8e0.

Remove ERP from RD Figurine voiceline (#32057)

removed ERP

Automatic changelog update

Mining Asteroid Treasure Vaults (#31638)

add interior rooms to the vgroid

Automatic changelog update

Fixes Borgs and Syndicats getting hurt by glass shards and other things + honkbot slipping 2 (#31011)

* Lets do this again

* I noticed this way to late

Automatic changelog update